Πυρήνας των συλλογών αλλά και των εκθέσεων του μουσείου αποτελεί η Συλλογή Γιώργου Κωστάκη, η οποία απαρτίζεται από 1277 έργα τέχνης (πίνακες ζωγραφικής, σχέδια, κατασκευές, πορσελάνες κ.α.) των σημαντικότερων καλλιτεχνών της Ρωσικής Πρωτοπορίας. (πρώτες δεκαετίες 20ου αι., K. Malevich, L. Popova, G. Klucis, A. Rodchenko, I. Kliun κ.ά.), ενώ το μουσείο διαθέτει και μια αξιόλογη συλλογή έργων σύγχρονων εικαστικών δημιουργών.
Στα χρόνια λειτουργίας του το ΚΜΣΤ έχει διοργανώσει σημαντικές εκθέσεις και έχει συνεργαστεί με πολλά μουσεία μοντέρνας και σύγχρονης τέχνης στην Ελλάδα και το εξωτερικό. Στις δραστηριότητες του ΚΜΣT, μεταξύ άλλων, είναι η έκδοση ειδικών καταλόγων, η διοργάνωση διεθνών επιστημονικών συνεδρίων και η οργάνωση εκπαιδευτικών δράσεων. Το ΚΜΣΤ επίσης είναι ο φορέας διοργάνωσης της Μπιενάλε Σύγχρονης Τέχνης Θεσσαλονίκης, που πραγματοποιείται από το 2007 στην πόλη με τη συνδρομή πολλών φορέων πολιτισμού.
Οι εκθέσεις του ΚΜΣΤ είναι περιοδικές.
Το ΚΜΣΤ είναι μερικώς προσβάσιμο από άτομα με κινητικές αναπηρίες.
