Θεμελιωμένη το 1152 μΧ. στο λόφο που ο Θουκυδίδης περιέγραφε ως πέρασμα για όλους τους κατακτητές, προερχόμενους από Ανατολή ή Δύση, η Παναγία Κοσμοσώτειρα αποτελεί δημιούργημα του πρίγκιπα του Βυζαντίου Ισαάκιου Κομνηνού, ο οποίος έλαβε τον τίτλο του Καίσαρα από τον πατέρα του και εκείνον του Σεβαστοκράτορα από τον αδελφό του. Επισκέπτες απ’ όλον τον κόσμο έχουν θαυμάσει ως σήμερα όχι μόνο την εξαιρετική αρχιτεκτονική της, αλλά και τις υπέροχες τοιχογραφίες της –όσες σώθηκαν από τη μετατροπή του χώρου σε τζαμί κατά την οθωμανική περίοδο- που διαφέρουν από τα συνήθη δείγματα της βυζαντινής αγιογραφίας.
Η Παναγία Κοσμοσώτειρα, που απηχεί ως σήμερα την μεγαλοπρέπεια της κωνσταντινουπολίτικης τέχνης, αποτελούσε το καθολικό της μονής που ίδρυσε ο Ισαάκιος Κομνηνός, ανακηρύσσοντάς τη, μάλιστα, στο Τυπικό του «ολότελα ελεύθερη, αυτοδέσποτη και ιδιοδέσποτη», χωρίς δηλαδή να υπάγεται σε καμία εξουσία, είτε κοσμική, είτε θρησκευτική αλλά και χωρίς να ορίζεται για εκείνη Έφορος –κατά τη συνήθη πρακτική- από τη γενιά και τους κληρονόμους του κτήτορα.
Μολονότι δεν υπάρχουν ιστορικές αποδείξεις, θρύλοι και παραδόσεις θέλουν τον Ισαάκιο Κομνηνό να έχει ταφεί στο εσωτερικό της μονής. Σε αυτό συντείνει και η τοιχογραφία της Παναγίας Κοσμοσώτειρας που βρίσκεται στο βόρειο τμήμα του τοιχώματος του θολωτού χώρου, με την Βρεφοκρατούσα να δείχνει με το δεξί της χέρι το πάτωμα του ναού. Για αρκετούς ερευνητές και ιστορικούς, η ασυνήθιστη αυτή μορφή της Παναγίας και η ανατρεπτικότητα που ενέχει η τεχνοτροπία της απεικόνισής της, μπορεί να σημαίνει μόνο ότι εκείνος που τη φιλοτέχνησε επιθυμούσε να αποκαλύψει το σημείο όπου βρίσκεται εδώ και αιώνες θαμμένος ο σεβαστοκράτορας Ισαάκιος Κομνηνός. Σύμφωνα με τη διακεκριμένη Βυζαντινολόγο Ελένη Γλύκατζη – Αρβελέρ «… η ύπαρξη στο νοτιοανατολικό εξωτερικό τείχος του ναού, ενός κεραμικού ανάγλυφου που παριστά τον μονοκέφαλο αετό, σύμβολο της αυτοκρατορίας και των αυτοκρατόρων μέχρι το 1261, μαρτυρεί ότι στη μονή της Κοσμοσώτειρας ενταφιάστηκε πράγματι μέλος της βασιλικής οικογένειας και αποτελεί ισχυρή ένδειξη ότι έχουμε εδώ μαυσωλείο της οικογενείας των Κομνηνών».
Κάθε χρόνο, στις 15 Αυγούστου τελείται μέγας πανηγυρικός εσπερινός, που έχει καθιερωθεί ως παγκόσμιο προσκύνημα των απανταχού Θρακών, ενώ από το ναό ξεκινά μια από τις πιο συγκινητικές λιτανείες της ιερής εικόνας, συνοδευόμενη από εορταστικές εκδηλώσεις.
