Με την έκθεση γίνεται μια προσπάθεια να σκιαγραφηθεί η πορεία της Θήρας στους Προϊστορικούς χρόνους μέσω επιλεγμένων ευρημάτων από τις χιλιάδες που υπάρχουν στις αποθήκες, μια πορεία που κατέστησε το νοτιότερο νησί των Κυκλάδων ένα από τα σπουδαιότερα αιγαιακά κέντρα κατά τον 18ο και 17ο αιώνα π.Χ.
Το μουσείο μπορεί να θεωρηθεί ως προέκταση του αρχαιολογικού χώρου του Ακρωτηρίου, αφού στεγάζει τις τοιχογραφίες και τα κινητά ευρήματα του αστικού αυτού κέντρου στην περίοδο της μεγάλης ακμής του (17ος αι. π.Χ.).
Παράλληλα, φιλοξενεί ευρήματα από πολλές άλλες θέσεις της Θήρας που χρονολογούνται από την 5η χιλιετία π.Χ. (Νεώτερη Νεολιθική περίοδος) ως τον 17ο αι. π.Χ. και δείχνουν το πέρασμα των ποικίλων πολιτισμών από το Αιγαίο σε μια μακρά περίοδο της Προϊστορίας.
Ολα τα εκθέματα είναι σε εξαιρετική κατάσταση.