Το αρχαιολογικό Μουσείο Κομοτηνής εγκαινιάστηκε το 1976. Οι εκθέσεις του καλύπτουν το χρονικό διάστημα από τη Νεολιθική μέχρι τη Βυζαντινή περίοδο. Η παρουσίαση των εκθεμάτων γίνεται με χρονολογική ακολουθία, χωρίς όμως τη διάσπαση των κατά τόπους ανασκαφικών συνόλων.
Το κτήριο του Μουσείου είναι έργο του αρχιτέκτονα Άρη Κωνσταντινίδη και θεωρείται ως προς την αρχιτεκτονική του μορφή το πιο εντυπωσιακό από τα σύγχρονα κτήρια της πόλης. Χαρακτηριστικά στοιχεία του είναι η γεωμετρική διάρθρωση των όγκων και των επιφανειών του, οι ανισοϋψείς στέγες με φεγγίτες και παράθυρα, τα αίθρια, τα εσωτερικά και εξωτερικά υπόστεγα, τα παράθυρα με τους χωριστούς φεγγίτες, τα ξύλινα κουφώματα με τις μεταλλικές περσίδες, οι οροφές με τα εμφανή αποτυπώματα των ξυλοτύπων και το χαμηλό τοιχίο-φράχτης που περιβάλλει τον κήπο με τα πεύκα.
Η κυρίως έκθεση του Μουσείου περιλαμβάνει αντικείμενα από προϊστορικές θέσεις (Νεολιθικές και εποχής Σιδήρου), από ελληνικές αποικίες, ιερά, ρωμαϊκούς οικισμούς και νεκροταφεία.
