Είναι το πρώτο μουσείο που δημιουργήθηκε στην μετεπαναστατική Ελλάδα και αρχικά λειτούργησε ως Κεντρικό Μουσείο. Ιδρύθηκε το 1828 από τον κυβερνήτη Ιωάννη Καποδίστρια στην τότε πρωτεύουσα του ελληνικού κράτους Αίγινα και αρχικά στεγάστηκε στο Εϋνάρδειο Διδασκαλείο. Τα εγκαίνιά του έγιναν τον Μάρτιο του 1829, ενώ κατ’ άλλες πηγές, η ίδρυση του Μουσείου τοποθετείται στις 21 Οκτωβρίου 1829 και η στέγασή του έγινε αρχικά στο Κυβερνείο, αργότερα στο λεγόμενο “Ορφανοτροφείο”, το πρώτο δημόσιο κτίσμα που κατασκευάστηκε στην Αίγινα μετά την άφιξη του Καποδίστρια, μέχρι που, το 1929 ως το 1980 στεγάστηκε στο Εϋνάρδειο, πλάι στη Μητρόπολη της πόλης της Αίγινας. Πρώτος διευθυντής του διετέλεσε ο Ανδρέας Μουστοξύδης, ενώ τη καταλογοποίηση των αρχαιολογικών ευρημάρων ανέλαβε ο Αρχιμανδρίτης Λεόντιος Καμπάνης υπό την επίβλεψη του Μουστοξύδη. Από τον Ιούλιο του 1832 τη καταλογογράφηση και επίβλεψη της συλλογής ανέλαβε ο Ιατρίδης.
Από τον Οκτώβριο του 1834, όταν έφορος Αρχαιοτήτων της Ελλάδας ανέλαβε ο Λουδοβίκος Ρος, το Μουσείο της Αίγινας παύει να είναι Κεντρικό Μουσείο, ενώ οι περισσότερες συλλογές μεταφέρονται στην Αθήνα, για να συγκροτήσουν εκεί το νέο Κεντρικό Μουσείο. Επί εφορίας του Κυριάκου Πιττάκη αποφασίστηκε η μεταφορά και των υπόλοιπων συλλογών στην Αθήνα, τον Σεπτέμβριο του 1837. Έμειναν όμως στην Αίγινα διάφορες επιγραφές, αγάλματα και αγγεία, που αποθηκεύτηκαν στο Ορφανοτροφείο και σε σχολικά κτίρια στο νησί.
