Το Αρχαιολογικό Μουσείο της Μυκόνου βρίσκεται στο παλιό λιμάνι και είναι κτισμένο στις αρχές το 1902. Αρχικός του σκοπός ήταν η φιλοξενία των ευρημάτων από τις ανασκαφές στη Ρήνεια.
Στις μέρες μας, εκτός από τα ευρήματα, στεγάζονται γλυπτά και επιτύμβια καθώς και κεραμικά αγγεία 8ου και 9ου αιώνα π.Χ. από τη γεωμετρική εποχή έως και τον 6ο αι π.Χ. από ανασκαφές στη Μύκονο και τη Δήλο.
Επίσης διαθέτει και μεγάλη συλλογή από βάζα, με το γνωστότερο βάζο του 17ου αιώνα, στο οποίο υπάρχει η εικόνα του Δούρειου Ίππου. Όμως, το γνωστότερο έκθεμα του είναι ο «Λίθος της Μυκόνου», αμφορέας με ανάγλυφες παραστάσεις από την άλωση της Τροίας, αλλά και πήλινα ειδώλια, κοσμήματα και όπλα.
Το κτήριο του Αρχαιολογικού Μουσείου ήταν αρχικά νεοκλασικό με κεραμοσκεπή και αετώματα, με τις αλλαγές όμως που έγιναν το 1935 και το 1972 έχει πλέον το κυκλαδίτικο στοιχείο με τις επίπεδες στέγες, τα αίθρια και την πρόσθεση μια μεγάλης αίθουσας
