Το Αρχαιολογικό Μουσείο Χανίων ιδρύθηκε το 1963 και βρίσκεται στο σημείο όπου βρισκόταν παλιά το Βενετσιάνικο μοναστήρι του Αγίου Φραγκίσκου στην οδό Χάληδων στην πόλη των Χανίων. Η συλλογή του Μουσείου περιλαμβάνει ευρήματα από ανασκαφές σε διάφορες περιοχές της πόλης που έγιναν κατά τη διάρκεια των τελευταίων 50 χρόνων ενώ τα εκθέματά του δίνουν μία διαχρονική εικόνα της πολιτισμικής ιστορίας του Νομού Χανίων από τη νεολιθική εποχή έως και τα χρόνια της ρωμαιοκρατίας.
Χωρίζονται σε δύο μεγάλες ενότητες με το ανατολικό τμήμα να φιλοξενεί αντικείμενα της ύστερης νεολιθικής εποχής και της χαλκοκρατίας. Στο άλλο τμήμα, το δυτικό, παρουσιάζονται εκθέματα της εποχής του σιδήρου.
Τις συλλογές συμπληρώνουν μινωικά ευρήματα της πόλεως των Χανίων, προϊστορικά ευρήματα από σπήλαια, από τάφους της γεωμετρικής περιόδου, ιστορικών χρόνων από την πόλη των Χανίων και από διάφορες άλλες πόλεις του νομού, μινωικά ευρήματα του νομού Χανίων, νομίσματα, κοσμήματα (προϊστορικών και ιστορικών χρόνων), γλυπτά, επιγραφές, στήλες, ψηφιδωτά κ.ά.
Ακόμη εκτίθενται ψηφιδωτά δάπεδα της Ρωμαιοκρατίας (2ος – 3ος αιώνας μ.Χ) που εικονίζουν σκηνές από το Διονυσιακό κύκλο και επεισόδια του μύθου του Ποσειδώνα και της νύμφης Αμυμώνης.
